این کلیسا در جنوب خیابان خواجه نظر و در محلهٔ هاکوپجان قرار گرفته و در1614م بنا شده. پـلان کـلیـسای استـپانوس مـقـدس، کـه بـزرگ تـریـن کلیسای اصفهان است، با ابعاد ۱۷ x34متر به سبک بازیلیک ستون دار در جهت شرقی ـ غربی قرار گرفته. گـنـبـد کـلیسـا، کـه دارای هـشت نورگیر است، به وسیلهٔ قوس هایی به چهار ستون بنا و دیوارهای جانبی تکیه دارد و دو گنبد کوچک قوسی شکل نیز در دو طرف گنبد اصلی قرار گرفته اند.
محراب کلیسا در قسمت شرقی بنا دارای دو اتاقک چهارگوش در دو سمت آن و یک گنبد قوسی شکل کوچک است. مصالح به کار رفته در ساختمان عبارت اند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده اند و نقاشی های دیواری بسیار کمی دارند اما چلیپاسنگ هایی در دیوارهای داخلی و خارجی کلیسا نصب شده است. برج ناقوس خانه در قسمت شمال شرقی کلیسا و بر روی سقف آن قرار دارد. در امتداد دیوار شمالی بنا هم ستون هایی با مصالح آجر و خشت ساخته شده که با قوس هایی به یکدیگر و به دیوار کلیسا متصل اند. در حیاط جنوبی کلیسا نیز نمازخانه کوچکی به نام مریم مقدس قرار دارد.
این کلیسا هم نام کلیسای جلفای ارس خود در آذربایجان(کلیسای سنت استپانوس) می باشد و از نظر ابعاد کلیسای بزرگی است اما نگاره های آن سثبسیار کمتر از وانک است